В последующие два дня после вторжения произошли первые столкновения. В боях при Шлейце и Заальфельде передовые прусские власти потерпели поражение и были отброшены к главным силам. От холеной прусской мощи не осталось и следа. Так, в бою при Заальфельде прусская конница была наголову изрублена французской, целые батареи были брошены канонирами, пруссаки в панике бежали, чувствуя за собой топот копыт французской кавалерии. В главной штаб-квартире распространился панический ужас. Было принято решение в срочном порядке начать отступление и сосредоточить армию у г. Вейма и г. Иены. У Веймара собрались силы герцога Брауншвейгского, у Иены — армия Гогенлоэ.

Узнав об этом, Наполеон отдал приказ маршалу Н. Даву двинуться к г. Наумбургу, чтобы отрезать прусской армии пути отступления на Берлин. Поняв опасность сложившейся ситуации, герцог Брауншвегский приказал своим силам начать отступление на Мерзебург, чтобы принять решительную битву между реками Заале и Эльба. Войска Гогенлоэ должны были остаться у Иены и прикрыть отступление главных сил, а затем также отойти, избегая столкновения с французами.

Тем временем Наполеон с маршалами Сультом, М. Неем и Мюратом подошел к Иене и вечером 13 октября занял город. Здесь он увидел перед собой бивуачные огни армии Гогенлоэ и решил следующим утром атаковать ее. Князь Гогенлоэ, зная, что французы вошли в Иену, все же полагал, что перед ним лишь часть неприятельской армии, поэтому он решил принять сражение. То ли по недоразумению, то ли по своей оплошности, он как следует не подготовился к битве и даже не составил диспозицию на следующий день. Напротив, Наполеон считал, что перед ним вся прусская армия, и поэтому тщательно исследовал местность, потратив на укрепление своей позиции половину ночи. В темноте незаметно для неприятеля французские солдаты заняли гору Ландграфенберг, которая главенствовала над окрестностями Иены. В полном мраке 30 тысяч французов вскарабкались по козьим тропам наверх и втащили пушки, заняв тем самым выгодную исходную позицию для атаки. Левым флангом французской армии командовал маршал П. Ожеро. В центре французских позиций стоял корпус маршала Ланна. Между Ожеро и Ланном находилась императорская Гвардия. На правом фланге располагался корпус маршала Сульта.

Наконец рассвело. Наступило утро 14 октября 1806 года — день битвы под Иеной. Бой начался в 6 часов утра, когда густой туман, окутывавший две армии, рассеялся под лучами осеннего солнца. Первым в бой двинулся корпус Ланна, который за три часа отбросил 8-тысячный авангард пруссаков под командованием генерала Б. Тауэнцина и занял ряд позиций под Коспедой (Каспедой), Лютцероде (Лютценроде) и Клозвицем (Клозевицем), ранее занимаемые неприятелем. Во время этих событий князь Гогенлоэ оставался совершенно спокоен, и лишь бегущие войска авангарда дали ему понять, что опасность близка. В 8 часов утра он срочно запросил о помощи генерала Э. Рюхеля, который стоял в городе Веймаре. Сам же попытался собрать свои войска в единый кулак из разбросанных на большом расстоянии друг от друга бивуаков. Подняв, таким образом, свой лагерь, он двинул его навстречу французам к дер. Фирценгейлиген.

В то же время за Ланном в бой вступили войска Сульта и Ожеро. Первый поднимался от долины р. Заале к Клозвицу, второй прошел по Мюхтальскому ущелью на Коспеду. Двигаясь к Клозвицу, Сульт столкнулся с отдельно стоявшим в лесу отрядом генерала Гольцендорфа на левом фланге прусских позиций. В течение двух часов французы пытались овладеть лесом, стремясь сбить с позиций солдат Гольцендорфа. В конце концов, им это удалось, и пруссаки, потеряв 5 тысяч человек убитыми и ранеными, отступили.

Пока происходили эти события, маршал Ней заметил движение пруссаков к Фирценгейлигену. Тогда он, с 3 тысячами солдат, укрепился в этой деревне и в течение часа выдерживал натиски основных сил Гогенлоэ. Пруссаки наступали по всем правилам устаревшей линейной тактики, одна из особенностей которой заключалась в том, что они подходили к неприятелю на определенное расстояние и открывали массированный огонь без прицеливания. Но на этот раз эта тактика оказалась совершенно безрезультатной. Она совсем не годилась по отношению к врагу, который довел свою стрельбу в рассыпном строю до совершенства. Прусско-саксонские войска в бесплодных атаках понесли жестокие потери. Тем не менее, пруссаки дрались упорно. Видя тяжелое положение Нея, Наполеон отдал приказ маршалу Ланну поддержать его: «…от двухсот пятидесяти до трехсот тысяч человек при поддержке семисот или восьмисот орудий сеяли смерть, являя собою одно из нечастых и истории зрелищ. Обе стороны непрестанно маневрировали, как на параде. В наших войсках ни на мгновение не возникло сомнение в победе…» — так гласила официальная сводка французской армии об этом сражении. (Тюлар. Ж. Наполеон, или Миф о «спасителе». М., 1996. С. 161–162.)

В 13 часов Наполеону сообщили, что резервные дивизии французской кавалерии развертываются на исходных позициях, а следом за ними выстраиваются в боевой порядок две свежие дивизии из корпуса маршала Нея. Когда же, наконец, колонны Сульта и Ожеро, завершив маневр, дружно ударили по противнику с флангов, Наполеон отдал приказ к решительной атаке всеми силами, включая резервы. В генеральном наступлении французские войска опрокинули прусско-саксонские линии и обратили их в бегство. Бегство было всеобщим и паническим. Один лишь саксонский гренадерский батальон держался стойко. Он окружил князя Гогенлоэ и медленно совершал правильное отступление.

В 14 часов дня, когда битва при Иене была безвозвратно проиграна, на поле боя, наконец, появился генерал Рюхель со своими 15 тысячами человек. Однако он уже не мог исправить положение. Вместо того чтобы прикрыть отступление разбитой армии, Рюхель ринулся в бой, но через полчаса был отброшен и совершенно разбит, увеличив тем самым число прусских потерь.

Бегущих пруссаков и саксонцев преследовала французская кавалерия во главе с маршалом Мюратом. Часть армии князя Гогенлоэ бросилась к Веймару, надеясь найти спасение в городе. Но всадники Мюрата на плечах отступающих ворвались на городские улицы и, разгоряченные преследованием, рубили всех, кто попадался под руку, не слушая криков о пощаде, не беря в плен. Сотни обезумевших людей гибли под клинками французов, давили друг друга, погибали под копытами лошадей. Прусская армия была наголову разгромлена.

Часть беглецов во главе с Гогенлоэ устремилась к Наумбургу, надеясь соединиться с армией герцога Брауншвейгского. Но неожиданно под Буттельштадтом к ним присоединились толпы других беглеце кричащие о том, что армия герцога разбита. Действительно, в тот день, когда Наполеон громил Гогенлоэ, маршал Даву ушёл в Ауэрштед и наголову разбил войска герцога Брауншвейгского. Поистине, 14 октября 1806 года стал черным днем Пруссии. Ее армия, на которую возлагалось столько надежд и которая должна была «шапками закидать французов», перестала существовать в один день. Разгром был полный и совершенный.

В сражениях при Иене и Ауэрштедте пруссаки потеряли более 20 тысяч человек убитыми и ранеными и 18 тысяч пленными. 200 пушек оказались в руках французов. 20 генералов погибли, были ранены И попали в плен. (Харботл Т. Битвы мировой истории. М., 1993. С. 17 Через 13 дней после Иены и Ауэрштедта Наполеон в сопровождении четырех маршалов, конных гренадер и гвардейских егерей торжественно въехал в Берлин. А 8 ноября, то есть ровно через месяц после начала войны, французским войскам сдалась первоклассная сильная крепость Магдебург. Пруссия была покорена. Победа Наполеона в этой войне была сокрушительной и полной. После Йены и Аурштедта молниеносно проявилась растерянность прусского правительства и генералов, а так же полный отказ от сопротивления и абсолютная покорность населения. Иена, как считал сам Наполеон, была третьим, после Маренго Аустерлица, самым счастливым днем в его жизни.